El Profesor Spencer Hale, quien fuera una vez uno de los mejores estudiantes del Profesor Oak y alumno cercano a la familia Ketchum, está obsesionado con descubrir el secreto tras el misterioso Pokémon llamado Unown. Un día le llaman por telefono para que vaya al trabajo, puesto que se ha encontrado algo sorprendente e inaudito; cuando su hija llamada Molly se prepara para dormir su papá le enseña fotos de su libro, en el cual ella ve un Entei, y dice que desde ahora será su Pokémon favorito.
El Profesor se va a un desierto y entra a una cueva donde hay paredes con letras extrañas, las cuales empieza a fotografiar con la ayuda de su laptop. De repente encuentra unas en el suelo (que tienen la forma de Unown), las toma para examinarlas y aparece un Unown frente a él que luego desaparece; las letras lo empiezan a rodear y lo transportan a un lugar desconocido.
El ayudante se da cuenta que el científico desapareció y va a avisarle Molly y a los demás. Ella se queda muy triste y le dan las extrañas letras que encontró su padre. Toma unas al azar y forma la palabra PAPÁ, y pide un deseo: que su papá vuelva. De pronto las letras cobran vida y se empieza a formar cristales alrededor de ella; ella se sorprende e intenta agarrarlas cuando aparece de el cristal su pokémon favorito, Entei. Molly asume que este Entei es su padre, mientras el cristal se sigue expandiendo por toda la casa, una enorme mansión.
Mientras tanto, Ash Ketchum conoce a una entrenadora llamada Rin, a quien enfrenta en un competido duelo pokémon, el cual después de una dura batalla logra ganar. Sin embargo, sus pokémon quedan muy lastimados y se dirige rápidamente hacia un Centro Pokémon. Estando ahí decide comer con sus amigos cuando surge la idea de ir a un lugar muy bonito, lleno de flores para Misty, pokémon para Ash y muchas chicas para Brock. Al llegar ahí, encuentran todo cubierto con cristal, y cámaras de televisión grabando lo sucedido para las noticias.
Entretanto Delia Ketchum, la madre de Ash que está viendo las noticias, se asusta al ver a Ash y se dirige junto con el Profesor Oak a ese lugar para ver que está pasando. Cuando la madre de Ash lo ve, corre a abrazarlo. Las cámaras graban esto y la niña, que está en la mansión de cristal viendo las noticias, le dice a Entei que quiere una madre. En ese momento, Entei sale de la mansión y se lleva a la mamá de Ash, ante los ojos incrédulos de Ash y las cámaras de televisión. Entei entonces lava el cerebro a Delia y le hace creer que es madre de Molly, haciendo que Ash entre a la mansión en una misión de rescate no solo para salvar a Delia, sino también de evitar los cada vez más destructivos poderes de los Unown, quienes son manipulados más y más por los impulsos y sentimientos de Molly, cristalizando más y más el entorno dentro de la zona de la mansión.
Molly nota que Ash, Brock y Misty intentan entrar a la mansión. Delia los ve de igual manera y cuando mira a Ash, sale de su trance. Molly procede a tratar con los intrusos aproximándose a ellos con una proyección suya. Cuando Brock dice que ella es muy chica, Molly "se hace" así misma mayor con el poder de Entei. Brock la reta primero a una Batalla Pokémon, pero pierde contra sus propias versiones de unos super poderosos Pokémon, llamados Pokémon de Cristal, creados por Entei. Ash y Misty se dirigen a las siguientes escaleras cuando son encontrados por la Molly mayor nuevamente, pero esta vez Misty la reta. Sorprendida que Misty no es bastante grande para ser una Líder de Gimnasio, Molly reajusta su edad para coincidir con la de Misty. Además cambia la arena a una unbicación bajo el agua, pero a pesar de esta ventaja, Misty pierde contra los Pokémon Cristal de Molly. Subiendo el último tramo de las escaleras, Ash finalmente encuentra a Delia con la verdadera Molly, quien estaba durmiendo.
Delia está sorprendida de ver a Ash y con él, trata de convencer a Molly de dejarla y regresar a la realidad. Sin embargo, Ash es confrontado por Entei quien violentamente defiende los sentimientos de Molly. Forzado a pelear, Ash usa a Totodile y Cyndaquil contra Entei pero los dos son vencidos fácilmente. Pikachu sin embargo logra tener una valiente lucha contra Entei. El Charizard de Ash, quien lo viera en problemas en la televisión de Liza más temprano, decide ayudarle, regresando desde el valle Charizífico para salvar a Ash y Pikachu luego que Entei los mandara a volar. Ash entonces monta a Charizardy una espectacular batalla comienza. Charizard es más igualado a Entei, y los dos Pokémon lanzan todo lo que tienen contra el otro. En un punto, Ash intenta hablar con Entei para convencerle que no luche y hacer lo que es mejor para Molly, pero Entei persiste en pelear. Justo cuando Entei está por descargar un poderoso ataque para acabar con Charizard, Molly le detiene, y decide que quiere vivir en la realidad nuevamente.
Desafortunadamente, los Unown comienzan a perder control de sus poderes Psíquicos combinados luego de sobrealimentarse de los sentimientos de Molly. Entei es forzado a atacar a sus creadores para poder restaurar la paz. Con ayuda de Pikachu y Charizard, Entei consigue penetrar el escudo de los Unowns y luego detiene su hechizo golpeándolos con un ataque de Llamarada. Entei intenta despedirse de Molly, diciéndole que lo mantenga cerca a sus sueños y se va. Los Unown retornan a su dimensión, liberando al Profesor Hale en las ruinas donde desapareciera. El grupo sale y encuentra que el lugar ha retornado a la normalidad. El Equipo Rocket, atrapado en una torre con Wobbuffet durante toda la película, anuncian que intentarán ser héroes la próxima vez y se despiden con su clásico grito.
En los créditos, Charizard regresa al Valle Charizífico, y Molly adquiere un Teddiursa real al igual que el retorno de su madre y su padre.
La película, siguiendo la tradición, comienza con una minipelícula titulada "Pikachu the Movie 2000", o "Pichu and Pikachu".
